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学化学的人,尤其是有机化学、高分子化学等范畴的,除了每天和各种试剂、各种瓶瓶罐罐打交道,也免不了要画图。不管是平常预备陈述PPT,仍是发表文章时预备插图,能精确、简练、漂亮地画出化合物的结构式是化学研究者的必备技术。越是高级的杂志对图片的漂亮程度要求就越高,那些高水平杂志上的结构式的确看着赏心悦目。杂志及其子刊作为全球学术期刊的龙头,最近专门为投稿人供给了一份制作化学结构的攻略,
这份攻略中所用的画图软件是最常用的ChemDraw,比较新的版别应该都能够,并且还供给了一个Style Sheet文件[2]供咱们运用。(注:如无特别指明,下文一切图片均来自此攻略)
Nature主张整篇文章的化学键角要共同,规范的键角用ChemDraw软件内的“clean up structure”功用方便地取得。有的人习气把五元环画成上尖下方的谷堆状,这是不可的。当然,假如你要画的分子含有多个环状结构或有立体化学,则不能彻底恪守这条主张,能够做恰当调整。
假如想符号结构中某个特别的键,有人喜爱将其加粗,但Nature主张不改动键的粗细,而用五颜六色符号。
关于苯环等共轭结构,尽管教科书上说用单双键替换表明和圆圈电子云表明都能够,但在文章中运用前者更好,除非环戊二烯基负离子这样的结构。
别的,运用ChemDraw自带结构模板时也需求十分留意。比方下图下半部分的蓝色和赤色的键,要么太长,要么太短,看起来不太漂亮。
只要杂原子或含有杂原子的基团才需求将元素符号标出,一般的碳原子简化为键的交点,氢原子省掉。不过,反应式中产生显着的改变的基团应该标出(下图底部)。
假如甲基和一个杂原子相连,最好画成“Me”。当然,画成CH3也能够,但要坚持全文共同。不管是甲基、氢原子仍是其他基团,与杂原子相连时不需求把衔接的单键画出来。
假如要运用非规范的缩写,需求在第一次运用时做出阐明,并在后文中坚持共同。对某些处于结构中心的基团,运用缩写的话会形成歧义,最好能把完好的结构画出。
画结构式时常常遇到需求标示正负电荷的原子,这时候应运用ChemDraw的电荷符号东西,而不是刺进文本框背工打“+”或“-”。ChemDraw的东西供给多种形式挑选,Nature主张正负号外面不要带圆圈。别的,书写带电基团结构式时,正负号要标示在带电原子上,例如R3N+H(而不是R3NH+)。
表明自由基的黑点不能过大或过小,相同引荐运用ChemDraw的自由基东西来符号。
有时候咱们应该用R来表明一组不同的基团,尤其是在评论构效联系时。不同方位的R用阿拉伯数字作为序号以区别,数字应是R的上标而非下标。
在画芳香族配体时,因为金属常常与多个配体配位,就免不了要画配体的立体透视图。为了体现出立体的感觉,一些化学键的长度要调整,有近大远小的感觉,而不是共同缩短为一个长度。别的,双键之间的键距离主张改为绝对值而不是键长的百分比。
带电荷的合作物能够把电荷画在金属的右上角,也能够在整个合作物的右上角,可是仍是相同需求全文坚持共同。
而关于合作物的离子对,能够把正负电荷别离标出,也能够不标,但要全文共同。咱们在初学配位化学时,喜爱把配位键画上箭头,从配体指向中心原子,但Nature不发起这种画法。
假如重绘某个手性分子或替换某个基团,一定要从头判别它的构型是否与实践共同!Nature主张的做法是在ChemDraw的“Object”菜单中挑选“Show Stereochemistry”,它会主动在手性碳上显现其正确构型。
手性碳相连的化学键一定要体现出其立体化学,并用楔形的粗线或虚线标示。除非必要,氢原子一般省掉。
键距离(bond spacing):18%(在歪斜的不饱和环中,有或许需求依照第三节有机金属化学中说到的要求做调整)
关于一些超大、超杂乱的分子,比方树枝状分子,若运用上述规范制作的话,图画会超出页面,这就需求特别调整。Nature主张首要运用规范设置制作结构,然后按份额缩小到适宜宽度,不能影响可读性。这种缩放应该在ChemDraw中履行,键宽和原子标识不应该首要被缩放。别的,原子标识字号的最小值是5 pt。
除了缩小,有些情况下还要对结构图进行扩大,比方机理图中为了更清楚地展现一些细节,就需求按份额扩大。相同,这一操作也需求在ChemDraw中进行,也必需要分外留意使结构图坚持漂亮。
以上便是Nature对制作化学结构式的首要主张了,英文原稿[1]能够在文末看到。
发Nature不易,不过能够先从画好结构式开端嘛。祝福咱们都能心想事成!